U 1. vijeku na tom se prostoru nalazio javni gradski termalni kompleks, a na njegovu je mjestu podignut novi početkom 4. stoljeća. Pri arheološkim istraživanjima otkriven je s južne strane crkve hipokaust, šuplji pod pomoću kojega se zagrijavao zrak u termama, a danas je skriven pod temeljima obližnjih građevina.
Dio termi vjerojatno je u 5. i 6. vijeku preuređen u ranokršćanski kultni prostor. Nalazi kasnoantičkih mozaika uz zvonik crkve te duž njezina glavnog pročelja upućuju na to da se ovdje nalazio forum, gradski trg s možda monumentalnim javnim građevinama.
Manja crkva sa slobodnostojećim zvonikom postoji kroz srednjovjekovno razdoblje, sudeći po strukturi dijela sjevernog zida te prema natpisu na zvoniku iz 1377. godine. U dokumentima se prvi put spominje tek u 15. stoljeću, otkad se sustavno širi prema istoku i zapadu, da bi od male jednobrodne crkve postala monumentalna barokna trobrodna građevina klasicističkog pročelja iz 1842. godine s ugrađenom renesansnom rozetom i baroknim portalom, a kompozicija u zabatu rad je bečkih majstora iz 1890-ih.
Najopsežniju obnovu crkve pokreće patricijska obitelj Orlando od 1716. do 1726. godine te za podizanje nove apside i oltara dovodi majstore iz Ljubljane. Glavni je oltar pod utjecajem venecijanske barokne skulpture izradio Jacopo Contiero iz Padove. Oltarna pala “Assunta”, kopija slavnoga Tizianova djela, rad je riječkog slikara Ivana Simonettia iz 1852. godine.
Mramorne oltare u crkvi izradili su Giovanni i Leonardo Paccassi, Pasquale Lazzarini, Antonio Michelazzi te Sebastiano Petruzzi, a oltarne pale većinom su rad ljubljanskoga slikara Valentina Metzingera, te Ivana Franje Gladića. Umjetnička djela nose obilježja furlansko goričkih radionica koje djeluju na prostoru habsburških zemalja. Barokne štukature u apsidi i na slavoluku izveo je poznati Giulio Quadrio, a u ostalom dijelu crkve njihove su kopije iz 1864. godine.
Stoljećima se članove bratovština, patricijskih obitelji i svećenike ukapalo u pod crkve, ali su od 1901. godine nadgrobne ploče ugrađene u njezin sjeverni zid. Kriptu je dala podići obitelj Orlando kao grobnicu za sebe i kanonike.
Važan događaj za povijest Rijeke bio je potres koji je 1750. godine mjesecima razarao grad i zbog kojega je podignut zavjetni oltar Svetoga Filipa Nerria: na pali toga oltara prikazan je grad u trenutku katastrofe. Kao drugi zavjet, u vrijeme teške kuge 1599. godine, podignuta je sa sjeverne strane trga crkvica svetog Roka uz koju je polovicom 17 st. izgrađen ženski benediktinski samostan. Veliki je kompleks srušen 1914. godine, jednako kao što je vrijeme izbrisalo i renesansne kapele sv. Antuna Opata te sv. Kuzme i Damjana koje su bile nadograđene uz gotički zvonik, na sredini trga.
Zvonik gotičkih stilskih obilježja do nas je stigao očišćen od historicističkih preinaka, kao rijetko sačuvan srednjovjekovni spomenik u gradu, uz jednu posebnost, nagnut je više od 40 cm zbog čega je popularno nazvan „Kosi toranj“. Uzrok ovog poremećaja statike, zbog čega je bilo pokušaja njegova rušenja u prošlosti, je u temeljenju zvonika dijelom na kasnoantičkom sloju, a dijelom na terenu pod utjecajem jakih podzemnih vodenih tokova.